Центр вычислительной биологии – это междисциплинарная лаборатория, занимающаяся исследованиями и разработками в сфере аналитических, алгоритмических и инфраструктурных решений для вычислительной биологии, трансляционной биоинформатики и агрогеномики. Области научных интересов включают в себя, но не ограничиваются иммуноонкологей, механизмами поддержания стабильности и целостности генома, биологией мобильных элементов, популяционной и медицинской генетикой. Мы также участвуем в нескольких проектах по генетике сельскохозяйственных культур, направленных на достижение высокоточной селекции с помощью генетических маркеров и определение механизмов взаимодействия хозяина и патогена. Поскольку работа с большими данными имеет важное значение для экспериментальной науки, мы разрабатываем экосистемы больших данных и аналитики для стимулирования и поддержки биомедицинских, а также агрогеномных исследований на новом уровне.
Новости & События
Мы будем рады сотрудничеству любого типа и масштаба в областях, связанных с геномикой рака, агрогеномикой, популяционной генетикой, современной зоологией и молекулярной экологией, а также нацеленному на развитие вычислительных решений и инфраструктуры для поддержки масштабных геномных проектов.
Июнь? Июль? = вихрь замечательных событий.
Во-первых, Костя успешно закончил курс бакалавриата по биофизике и получил диплом. Поздравляем!
Мы опубликовали BSXplorer – удобный и компактный пакет на языке Python, предназначенный для проведения разведочного анализа, сравнения и визуализации данных метилирования. Этот простой в использовании и легкий инструмент будет полезен всем, кто проводит исследования в области эпигенетики немоделных организмов.
Pygenomics – новый программный пакет, реализованный на Python. Пакет содержит функции для работы с геномными интервалами и для обработки файлов, содержащих биоинформатические данные в различных форматах широко используемых в омиксных исследованиях. Наша статья в журнале Bioinformatics доступна онлайн.
Белые медведи ‒ символ суровой природы Арктики. Активная деятельность человека в прошлом веке привела к фрагментации и сокращению ареала обитания животных полярной зоны и создала серьезную угрозу для генетического разнообразия многих видов, включая белых медведей, там самым, увеличивая риски их исчезновения. Наш проект направлен на комплексное изучение генетической изменчивости, структуры популяции и демографической истории белых медведей в российской Арктике.
Данные полногеномного секвенирования – незаменимый источник информации не только о генетических вариациях, но и о состоянии генома в целом. SWaveform – комплекс программного обеспечения для визуализации сигнала покрытия секвенирования, включающий в себя: базу данных, веб-интерфейс и набор программ для обработки данных. Сигнал покрытия секвенирования, представляет собой последовательность величин, соответствующих числу фрагментов секвенирования, выравненных на данную позицию референсного генома. Анализ сигнала покрытия широко используется для обнаружения структурных вариантов, особенно вариантов копийности. Созданный ресурс открывает новые возможности для исследования нового типа данных, получаемых при полногеномном секвенировании.