Целостность генома при онкологических и нейродегенративных заболеваниях
Надёжное и эффективное поддержание целостности генома является необходимым фактором для передачи наследственных признаков в ряду поколений, а также для нормального гомеостатического функционирования клеток и организмов. Изменения в метаболизме и энергетическом балансе клеток могут серьёзно влиять на целостность генома. Нарушения в работе механизмов, обеспечивающих поддержание стабильности и целостности генома, лежат в основе многих патологий развития, а также таких заболеваний, как рак и нейропсихиатрические расстройства.
Несмотря на существенный прогресс в исследовании непосредственных причин и последствий повреждений генома, многие ключевые механизмы, регулирующие гомеостатический статус хроматина и то, каким образом его отдельные участки становятся восприимчивыми или устойчивыми к повреждениям, остаются относительно малоисследованными.
Нашей целью является создание новой метрики для всестороннего анализа аберраций генома, позволяющей выявить взаимоотношения между архитектурой генома, механизмами поддержания его целостности и фенотипическими признаками. Существенным элементом проекта является работа над созданием рекомендаций для практического применения создаваемой метрики в клинической диагностике, прогностике и выборе терапии.
Иммуноонкология
Сигнальный путь pRb-E2F ‒ фундаментальный регулятор клеточного цикла и процессинга РНК, нормальное функционирование которого претерпевает существенные нарушения при онкологической трансформации. Например, изменения сплайсинга РНК приводят к появлению иммунологически значимых неоантигенов, которые запускают эффективный противоопухолевый иммунный ответ.
Сравнительный биоинформатический анализ биоматериала опухоли и здоровой ткани позволяет определить неоэпитопы обеспечивающие максимальный противоопухолевый иммунный ответ. Мы разрабатываем аналитические и вычислительные подходы для поиска неоантигенов путем интегративного анализа высокопроизводительных молекулярных данных и клинических когорт. Идентификация paсширeнного спектра опухолевых неоэпитопов позволяет детально описать иммунный ландшафт опухоли и, таким образом, способствовать разработке персонализированных противораковых вакцин.