–  это простой в установке и гибкий инструмент, позволяющий эффективно проводить резведочный анализ паттернов метилирования ДНК в геномах модельных и немодельных организмов. BSXplorer – это пакет, разработанный для графического анализа паттернов метилирования ДНК в геномах, как для известных функциональных геномных элементов, так и в определенных пользователем регионах. Инструмент позволяет сравнивать сигналы метилирования между различными контекстами, образцами и видами в функциональных геномных элементах и регионах, представляющих интерес.

Репозиторий. Примеры использования.

— программный пакет, реализующий чтение, запись и преобразование геномных интервалов между различными форматами файлов данных, использующихся в геномной биоинформатике. Процедуры пакета могут быть легко включены в конвейерные системы обработки данных, таких как , например, Snakemake.

Репозиторий. Дополнительный пакет. Примеры использования

— вычислительный ресурс, содержащий аннотированные паттерны сигналов покрытия последовательности, а также модели профилей сигналов, соответствующие пяти основным типам структурных вариаций. База данных содержит около 23 миллионов профилей сигналов покрытия, извлеченных из данных полногеномного секвенирования, предоставленных несколькими крупномасштабными геномными проектами (например, HGDP). Инструменты работы с данными позволяют проводить поиск и визуализацию имеющихся данных, а также выгружать профили сигналов для дальнейшей работы.

SWaveform: https://swaveform.compbio.ru/

– Shirokuma (しろくま シロクマ 白熊 – белый медведь по‒японски) ‒ образовательный ресурс и база данных образцов белого медведя (Ursus Maritimus), хранящихся в Зоологическом институте Российской академии наук. Работа выполнена в рамках гранта РНФ 22-74-00038

Сайт проекта: https://shirokuma.compbio.ru
База данных